Gréckokatolícka teologická fakulta v Prešove nadväzuje na činnosť Bohosloveckej akadémie (Academia theologica), ktorú založil v roku 1880 prešovský biskup ThDr. Mikuláš Tóth. Až do roku 1950, keď jej existencia bola násilne prerušená. Činnosť fakulty bola obnovená v roku 1990 a bola zaradená do zväzku Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach. Dňom 1. januára 1997, keď bola zriadená Prešovská univerzita v Prešove sa fakulta stala jej súčasťou. Od 1. septembra 2005 nesie názov Gréckokatolícka teologická fakulta. Kongregácia pre katolícku výchovu v Ríme 28. októbra 2014 dekrétom č. 1013/2011 vyhlásila Gréckokatolícku teologickú fakultu za cirkevnú.

Gréckokatolícka teologická fakulta má v štruktúre univerzity svojím zameraním endemické miesto. Adekvátne reaguje na spoločenské potreby ponukou študijných programov vo všetkých troch stupňoch vysokoškolského vzdelávania. Rozvoj osobnosti študentov je chápaný a realizovaný v celej vysokoškolskej príprave komplexne, interdisciplinárne s proporcionálnou harmonickou vyváženosťou filozofických, teologických, etických, humanitných, prírodovedných a právnych disciplín.